Terdapat hal-hal unik yang bisa dilihat dari bentuk masjid Mlangi. Masjid ini dibangun dalam pengaruh budaya Jawa yang sangat kuat. Masjid Pathok Negoro Mlangi menghadirkan suasana Keraton Yogyakarta yang kuat. Bentuk bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi sekilas menyerupai Masjid Gedhe di Kauman, Yogyakarta. Atap susun dua yang terletak di tengah bangunan menjadi salah satu ciri khas dari masjid ini. Tidak ketinggalan, menara masjid yang menjulang di kompleks masjid. Menariknya, bentuk bangunan semua masjid pathok negoro tidak akan jauh berbeda satu dengan yang lain.
Masjid Pathok Negoro Mlangi memiliki halaman yang luas dan rapi. Kita bisa berkeliling halaman ini untuk sekedar menikmati bangunan masjid yang unik. Di halaman ini juga terdapat Balai Masjid di sisi kanan dan kiri halaman. Bagi pengurus masjid, balai ini berfungsi untuk berbagai macam kegiatan seperti rapat-rapat, istirahat, menyiapkan konsumsi, dan ruang penyimpanan barang. Sebelum memasuki ruangan masjid, kita akan menemui kolam yang mengelilingi masjid. Kolam ini berfungsi untuk membersihkan kaki pengunjung masjid agar tidak ada kotoran dan najis yang masuk ke wilayah suci masjid. Selain itu, hal itu sebagai perlambang masjid sebagai tempat suci dan penyucian diri dari kotoran hati, sebagaimana ‘ars yang dikelilingi air. Setelah itu, kita akan menemui serambi masjid. Serambi ini biasa digunakan untuk pengajian, menerima tamu, dan penyelenggaraan acara-acara peringatan hari besar Islam. Lebih dalam lagi adalah ruang utama masjid. Di sini kita bisa melihat mimbar dan bedug masjid.
Salah satu daya tarik utama masjid ini adalah makam Kiai Nur Iman yang terletak di kompleks yang sama. Hingga saat ini, banyak pengunjung yang singgah untuk ziarah di makam Kiai Nur Iman. Letaknya berada di belakang bangunan utama masjid. Kompleks makam Kiai Nur Iman dibangun sedemikian rupa supaya peziarah bisa nyaman berziarah di sini.